Enhanced T1-weighted Fast SPoiled gradient echo（eT1W-FSP)是一个类似MP2RAGE采样方式的序列，能提供更好的灰白质对比度和更均匀的图像亮度分布，但是图像背景的噪声表现与传统T1w-FSP图像差异较大，典型的eT1W-FSP的eT1W如下图所示。用freesurfer的recon-all直接处理结果常常不理想，往往需要在预处理阶段借助TI1和TI2的图像将背景噪声先去除。因此在设置扫描协议时也需要同时保存TI1和TI2的原始图像。

figure1 eT1W-FSP的 eT1W示例

联影扫描参数设置

保存TI1和TI2的扫描参数设置如下，在重建卡中原始图像选择TI1+TI2。

figure2 扫描参数设置

去背景方法及效果

根据 eT1W-FSP 的重建公式，其值分布在-0.5-0.5 之间[1]。联影将该值进行放大后直接存储于 dicom 中，因此 eT1W-FSP 的 eT1W 图中存在负值。在进行去背景操作前，需要对 eT1W 图的灰度值进行调整，具体处理方法如下：
step1：使用FSL的fslmaths调整eT1W图的灰度分布（fslmaths的使用可见https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/docs/#/utilities/fslutils）。
命令: fslmaths inputvol -add 500 -mul 4 -thr 0 -min 4095 outputvol
其中inputvol为输入的原始eT1W图，ouputvol为调整了灰度值分割的eT1W图。

step2：使用去背景工具对处理后的eT1W进行去背景。

figure3 调整灰度分布后的eT1W图及调整前后的灰度分布。a为调整了灰度分布后的eT1W图，b为调整前的灰度直方图，c为调整后的灰度直方图。

下面将介绍两种去背景工具的使用及效果。

开源工具一：https://github.cn/srikash/3dMPRAGEise
该工具需要输入eT1W及TI2，去背景效果如下图。

figure4 工具一去背景效果

开源工具二：https://github.com/JosePMarques/MP2RAGE-related-scripts
该工具需要输入eT1W, TI1和TI2，其去背景效果如下图。

figure4 工具二去背景效果

工具一相比于工具二在脑实质外围一圈等区域背景去除的更干净。

freesurfer处理结果示例

下图左图和右图分别为工具一和工具二去除背景后freesurfer的分割效果。结果可见，针对该数据工具二去除背景后在黄色箭头处分割溢出，工具一去除背景后分割效果更优。

ref：
[1]José P. Marques, et al. "MP2RAGE, a self bias-field corrected sequence for improved segmentation and T1-mapping at high field. " NeuroImage 49.2(2010):1271-1281.